Nach erfolgreichem Abruf der ELStAM hat der Arbeitgeber für die angemeldeten Arbeitnehmer die Vorschriften des ELStAM-Verfahrens anzuwenden. Danach sind die vom Arbeitgeber oder seinem Vertreter abgerufenen ELStAM grundsätzlich für die nächste auf den Abrufzeitpunkt folgende Lohnabrechnung anzuwenden und im Lohnkonto aufzuzeichnen.
Die abgerufenen ELStAM sind gemäß der zeitlichen Gültigkeitsangabe vom Arbeitgeber für die Durchführung des Lohnsteuerabzugs des Arbeitnehmers anzuwenden, bis ihm die Finanzverwaltung geänderte ELStAM zum Abruf bereitstellt (Änderungsmitteilung) oder der Arbeitgeber der Finanzverwaltung die Beendigung des Dienstverhältnisses mitteilt (§ 39e Abs. 5 S. 1 EStG). Der Arbeitgeber hat der Finanzverwaltung die Beendigung des Dienstverhältnisses unverzüglich mitzuteilen.
Der Arbeitgeber ist wegen der vorstehend erwähnten Änderungsmitteilung gemäß § 39e Abs. 5 S. 3 EStG verpflichtet, die ELStAM nicht nur einmalig, sondern monatlich abzurufen; der Abruf der Daten kann ab dem 5. Arbeitstag des Folgemonats erfolgen (z. B. Abruf der Änderungen im Mai 01 ab 7. Juni 01). Da sich die Lohnsteuerabzugsmerkmale der Arbeitnehmer in einer Vielzahl von Fällen nicht in jedem Monat ändern, hat die Finanzverwaltung einen Mitteilungsservice eingerichtet. Zur Nutzung dieses Mitteilungsverfahrens kann der Arbeitgeber im Elster-Online-Portal beantragen, von dort per E-Mail Informationen über die Bereitstellung von Änderungen zu erhalten. Erfährt der Arbeitgeber durch diesen E-Mail-Mitteilungsservice, dass sich für einen Lohnzahlungszeitraum keine Änderungen bei den ELStAM seiner Arbeitnehmer ergeben haben, ist er für diesen Zeitraum vom Abruf befreit. Wird ihm allerdings mitgeteilt, dass neue bzw. geänderte ELStAM zum Abruf bereitstehen, ist er zum Abruf verpflichtet.
Damit auch der Arbeitnehmer zeitnah über die dem Lohnsteuerabzug zugrunde gelegten – und somit (neu) abgerufenen – Lohnsteuerabzugsmerkmale informiert wird, sind diese in der Lohnabrechnung des Arbeitnehmers auszuweisen (§ 39e Abs. 5 S. 2 EStG). Diese Lohnabrechnung kann dem Arbeitnehmer in Papierform als Ausdruck oder elektronisch bereitgestellt werden. Hierdurch gelten die elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale gegenüber dem Arbeitnehmer als bekannt gegeben.
Nach dem Tod eines Arbeitnehmers wird ein Abruf der ELStAM automatisch allgemein gesperrt. Versucht der Arbeitgeber in diesen Fällen ELStAM abzurufen, erhält er eine Rückmeldung, dass ein Abruf nicht möglich ist. Bei Lohnzahlungen an Erben oder Hinterbliebene des verstorbenen Arbeitnehmers sind diese durch den Arbeitgeber als Arbeitnehmer anzumelden, damit die Finanzverwaltung ELStAM bilden und zum Abruf bereitstellen kann. Die Arbeitnehmereigenschaft des Erben als Rechtsnachfolger ergibt sich aus § 1 Abs. 1 Satz 2 LStDV.
