Alle Bezüge, die lohnsteuerpflichtig sind, unterliegen auch der Kirchensteuer. Der Steuersatz beträgt 8 % oder 9 % der Lohnsteuer, je nachdem, in welchem Land die lohnsteuerliche Betriebsstätte des Arbeitgebers liegt.
Für den Kirchensteuerabzug vom Arbeitslohn gilt das sogenannte Betriebsstättenprinzip. Der Arbeitgeber hat deshalb die Kirchensteuer nach dem für die Betriebsstätte maßgebenden Steuersatz einzubehalten, auch wenn der Arbeitnehmer in einem anderen Bundesland wohnt. Gleiches gilt für die Anwendung des sog. Halbteilungsgrundsatzes.
Hat der Arbeitgeber Kirchensteuer nach einem Steuersatz einbehalten, der höher ist als der für den Wohnsitz des Arbeitnehmers maßgebende Kirchensteuersatz, so wird dem Arbeitnehmer der Unterschiedsbetrag bei einer Veranlagung zur Einkommensteuer erstattet (in Bayern von den Kirchensteuerämtern). Wird der Arbeitnehmer nicht zur Einkommensteuer veranlagt, so kann der Arbeitnehmer die Erstattung bei der zuständigen Kirchenbehörde beantragen.
