Wenn zu viel oder zu wenig Lohnsteuer abgezogen wurde, und man erst nach einiger Zeit erkennt, dass man bisher nicht vorschriftsmäßig Lohnsteuer einbehalten hat, oder wenn ein Mitarbeiter eine Lohnsteuerkarte mit einer Eintragung vorlegt, die sich rückwirkend auch auf frühere Lohnzahlungszeiträume bezieht, ist die Änderung des Lohnsteuerabzugs notwendig.
Solange ein Arbeitgeber die Lohnkonten noch nicht abgeschlossen und noch keine Lohnsteuerbescheinigung übermittelt bzw. erstellt hat, darf er den Steuerabzug neu berechnen und bei der folgenden Lohnzahlung entweder bisher zu wenig abgezogene Lohnsteuer nachträglich einbehalten oder zu viel einbehaltene Lohnsteuer erstatten. Dies gilt selbstverständlich nur, wenn der Arbeitnehmer noch bei ihm beschäftigt ist und Arbeitslohn bezieht. Die zurückzuzahlende Lohnsteuer ist dabei dem Gesamtbetrag der vom Arbeitgeber in demselben Lohnzahlungszeitraum einbehaltenen Lohnsteuer zu entnehmen. Sollte die Erstattung aus dem Gesamtbetrag nicht gedeckt werden können, hat das Finanzamt dem Arbeitgeber auf Antrag den Fehlbetrag zu ersetzen.
Eine etwaige Erstattung zu viel einbehaltener Lohnsteuer nach Ablauf des Kalenderjahres ist jedoch nur im Wege des Lohnsteuer-Jahresausgleichs zulässig, also nur bei den Arbeitnehmern, für die der Arbeitgeber einen Lohnsteuer-Jahresausgleich durchführen darf (siehe dort: Lohnsteuerjahresausgleich § 42b EStG).
