Solange der VdN besteht, gibt es grundsätzlich die Option für den Arbeitgeber, im Verlauf des Kalenderjahres die Wahl der Besteuerungsart zu ändern (vgl. BFH-Urteil vom 03.02.1987, Az. IX R 255/84, BFH/NV 1987, 751). Ein Wechsel von der Pauschalierung zur Regelbesteuerung ist zulässig, sofern kein Gestaltungsmissbrauch vorliegt (vgl. BFH-Urteil vom 20.12.1991, Az. XI R 32/89, BStBI II 1992, 695) und die Festsetzungsfrist noch nicht abgelaufen ist.
Ein Wechsel der Besteuerungsart gilt als Gestaltungsmissbrauch gemäß § 42 AO, wenn er innerhalb eines Kalenderjahres allein mit dem Ziel erfolgt, die jeweiligen Vorteile der Besteuerungsarten zu kombinieren und durch Ausnutzung der mit den Lohneinkünften verbundenen Freibeträge einen Teil des Gehalts der Besteuerung zu entziehen. Ein solcher Wechsel ist jedoch weiterhin möglich, wenn die Veranlassung dazu aus dem Arbeitsverhältnis resultiert. Dies ist beispielsweise der Fall, wenn der Arbeitnehmer im Laufe des Kalenderjahres aus dem Dienstverhältnis ausscheidet (Ruhestand, Kündigung) und beim selben Arbeitgeber in einem neuen Arbeitsverhältnis unter Pauschalierung der Lohnsteuer weiter- oder wiedereingestellt wird. Ebenso ist ein Wechsel der Besteuerungsart möglich, wenn die Pauschalierungsgrenzen des § 40a EStG aufgrund schwankenden Arbeitslohns teilweise überschritten oder unterschritten werden.
Eine missbräuchliche Ausnutzung beider Besteuerungsarten liegt nicht vor, wenn der Arbeitgeber nach Ablauf des Kalenderjahres die zuvor vorgenommene Pauschalierung der Lohnsteuer rückgängig macht (vgl. BFH-Urteil vom 26.11.2003, Az. VI R 10/99, BStBI II 2004, 195).