Die LStAp ist das übliche Instrument, mit dem die Finanzverwaltung die ordnungsgemäße Einbehaltung, Übernahme und Abführung der Steuerabzüge vom Arbeitslohn durch den Arbeitgeber überwacht, § 42f EStG. Das Hauptziel der LStAp ist nicht primär die Erzielung eines steuerlichen Mehrergebnisses. Vielmehr geht es darum, Fehler seitens des Arbeitgebers zu korrigieren, die aufgrund der komplexen Aufgabe des Steuerabzugs zwar unvermeidlich sein können, sich aber möglicherweise Monat für Monat wiederholen und somit langfristig negative Auswirkungen auf die Steuereinnahmen haben. Das Hauptaugenmerk liegt also auf der "Pflege des Steueraufkommens" im staatlichen Interesse. Dies fördert die Gleichbehandlung der Arbeitnehmer und dient der Wettbewerbsneutralität unter den Arbeitgebern.
Die rechtlichen Grundlagen für die Zulässigkeit der LStAp bei gewerblichen oder land- und forstwirtschaftlichen Betrieben, freiberuflich Tätigen oder Personen nach § 147a AO, die Arbeitnehmer beschäftigen, liegen in § 193 Abs. 1 iVm § 194 Abs. 1 Satz 4 AO. Bei anderen Arbeitgebern wie Behörden, gemeinnützigen Organisationen oder Privatpersonen, die Arbeitnehmer beschäftigen, ist eine LStAp zulässig, soweit sie die Verpflichtung zum Steuerabzug und zur Abführung dieser Steuern betrifft (§ 193 Abs. 2 Nr. 1 AO).
Die LStAp unterscheidet sich von der Lohnsteuer-Nachschau; sie ist eine Außenprüfung nach den §§ 193ff AO (R 42f Abs. 1 Satz 1 LStR) sowie eine Sonderprüfung nach der Betriebsprüfungsordnung. Die BpO gilt für die LStAp nur, wenn sie gesondert angeordnet ist (§ 1 Abs. 2 BpO; R 42f Abs. 1 Satz 2 LStR).
Die LStAp hat die Aufgabe, die tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse zu prüfen, die für die Verpflichtung des Arbeitgebers zum Lohnsteuerabzug, den Umfang des Arbeitslohns und die Bemessung der Lohnsteuer maßgebend sind (Besteuerungsgrundlagen). Diese Prüfung erfolgt zugunsten und zuungunsten von Arbeitnehmern und Arbeitgebern (§ 199 Abs. 1 AO), wobei sich die LStAp inhaltlich sowie hinsichtlich der Prüfungsdauer auf das Wesentliche beschränken sollte (§ 7 BpO).
